1984年在上海華山飯店，當時我國高等農業(yè)院校獸醫(yī)藥理學教師代表馮淇輝、戎耀方、周正、梁兆年、朱模忠、李濤等發(fā)起成立中國畜牧獸醫(yī)學會獸醫(yī)藥理與毒理學分會籌備大會，并舉行了第一次學術討論會。

    1986年在山東青島動植物檢疫所正式成立中國畜牧獸醫(yī)學會獸醫(yī)藥理與毒理學分會，并舉行了第二次學術討論會，當時中國畜牧獸醫(yī)學會理事長陳凌風先生到會指導，大會選舉產生了第一屆理事會，推選我國畜牧獸醫(yī)界著名學者馮淇輝教授為第一屆理事長。

    1988年在陜西西安第四軍醫(yī)大學、1991年在四川成都西南民族學院、1994年在廣州華南農業(yè)大學、1997年在長春解放軍獸醫(yī)大學分別召開第二、三、四、五屆全國會員代表大會和全國學術討論會，并成立以馮淇輝教授為理事長的第二、三、四、五屆理事會。 2000年8月在北京中國農業(yè)大學、2003年8月在南京農業(yè)大學 ，分別召開第六、七屆全國會員代表大會和全國學術討論會，并選舉產生了以陳杖榴教授為理事長、曾振靈教授為秘書長的第六、七屆理事會。2006年8月在安徽農業(yè)大學、2009年8月在華中農業(yè)大學分別召開第八、九屆全國會員代表大會和全國學術討論會，并選舉產生了以曾振靈教授為理事長、劉雅紅教授為秘書長的第八、九屆理事會。2011年在云南農業(yè)大學召開第十屆全國會員代表大會和全國學術討論會，并選舉產生了以沈建忠教授為理事長、肖希龍教授為秘書長的第十屆理事會。2015年10月在湖南長沙召開第十一屆全國會員代表大會和全國學術討論會，并選舉產生了以袁宗輝教授為理事長、邱銀生教授為秘書長的第十一屆理事會。2019年10月在甘肅蘭州召開第十二屆全國會員代表大會和全國學術討論會，并選舉產生了以鄧旭明教授為理事長、孫志良教授為副理事長兼秘書長的第十二屆理事會。本分會目前有會員1000多人，其中高級職稱240多人。

    學會自成立伊始至2011年，一直掛靠在華南農業(yè)大學，成立到現(xiàn)在已歷經二十七年的歷史，在馮淇輝教授的帶領下，積極倡導全國獸醫(yī)藥理學科團結協(xié)作、共同發(fā)展，"六五"、"七五"期間，在馮教授的領導下，國內5所農業(yè)院校聯(lián)合開展藥物動力學研究，為我國獸醫(yī)藥物動力學研究奠定了基礎。先后舉辦全國獸醫(yī)藥理學、藥物動力學師資培訓班2期，為全國高等農業(yè)院校和科研院所的獸醫(yī)藥理學科培養(yǎng)了80多名教師和研究人員。同時積極開展學術活動，并多次組織參加歐洲獸醫(yī)藥理毒理學會議和對外學術交流，在推動和促進我國獸醫(yī)藥理學科科技進步和迅速發(fā)展，發(fā)揮了重要作用。

    2015年10月，副理事長兼秘書長肖希龍教授主持了學會換屆選舉大會，選舉產生了獸醫(yī)藥理毒理學分會第十屆理事會。新一屆理事會由149名理事組成，其中常務理事66人。袁宗輝教授任理事長，陳杖榴教授、沈建忠教授、曾振靈教授任名譽理事長，鄧旭明教授、胡功政教授、江善祥教授、劉雅紅教授、卜仕金教授、孫志良教授、薛飛群教授、徐士新研究員、肖希龍教授、張繼瑜教授、張秀英教授任副理事長，邱銀生教授任秘書長，吳聰明教授、李劍勇教授、蔣紅霞教授、黃玲利副教授、郝智慧教授任副秘書長。大會還選舉天津瑞普生物技術股份有限公司和廣東大華農動物保健品股份有限公司為企業(yè)副理事長單位，北京維德維康生物技術有限公司等21家單位為常務理事單位，廣東海納川生物科技有限公司等4家單位為理事單位。